Vous travaillerez au sein de l’unité ‘Santé et Agroécologie du Vignoble’ (SAVE), située sur le centre de recherche INRAE de Villenave d’Ornon, à proximité de Bordeaux (France). L’unité porte des projets de recherche d’envergure sur la transition agroécologique en viticulture, en étroite collaboration avec les professionnels de ce secteur et du biocontrôle. Elle fait partie de l’Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), un institut reconnu mondialement pour ses activités de recherche, de formation et de transfert.

Au sein de SAVE, vous serez intégré dans l’équipe ‘Microbiote de la vigne’. Vous contribuerez au projet GetUp qui vise à développer des solutions opérationnelles, basées sur le pilotage du microbiote, pour lutter contre le mildiou de la vigne. Ce projet vise en particulier à concevoir des consortia microbiens capables de protéger la vigne contre le mildiou, soit en agissant directement sur l’agent pathogène (Plasmopara viticola), soit en stimulant les défenses de la vigne. Il vise également à identifier les pratiques et les infrastructures agroécologiques à mettre en place pour maintenir et renforcer naturellement le microbiote protecteur, tant à l’échelle de la parcelle que de l’exploitation.

Vous travaillerez sous la responsabilité directe d’un ingénieur de recherche en charge de la coordination des actions du projet GetUp. Votre première mission sera de mettre en œuvre différentes méthodes de biologie moléculaire pour caractériser le microbiote des échantillons environnementaux collectés dans les parcelles viticoles. Votre seconde mission sera de réaliser des expérimentations en microbiologie afin de caractériser des souches de levure prometteuses pour le biocontrôle du mildiou.

◼ Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Préparer des échantillons de sol, feuilles et racines de vigne (broyage, lyophilisation, pesée)
• Extraire les acides nucléiques (ADN, ARN) par des méthodes classiques et des méthodes en kit
• Amplifier par PCR des régions génomiques (16S, ITS, 18S) permettant d’identifier les microorganismes présents dans les échantillons environnementaux.
• Préparer les plaques d’amplicons pour leur transmission aux plateformes de séquençage.
• Quantifier le mildiou et d’autres microorganismes par des méthodes de PCR quantitative
• Cultiver les levures nécessaires aux tests de confrontation avec le mildiou
• Caractériser les conditions optimales de croissance de ces souches de levure
• Phénotyper ces souches en suivant les protocoles établis dans le projet (tolérance au cuivre, au soufre, activités enzymatiques…)
• Tenir à jour un cahier de laboratoire électronique
• Rendre compte de vos activités aux responsables scientifiques du projet
• Participer aux réunions de l’équipe Microbiote et aux réunions de projet GetUp.
• Participer à l’encadrement technique des stagiaires de l’équipe Microbiote et du projet GetUp.
• Participer ponctuellement aux campagnes d’échantillonnage dans les vignes et aux expérimentations en serre.
• Contribuer à la vie collective du laboratoire, en partageant vos protocoles et savoir-faire et en prenant part aux activités transversales (gestion des laboratoires, qualité, maintenance des équipements)

• Travail fréquent sous sorbonne et sous poste de sécurité microbiologique
• Quelques déplacements dans la région Nouvelle-Aquitaine et ailleurs en France seront nécessaires pour se rendre aux réunions de projet, pour collaborer avec les plateformes de séquençage et pour participer aux campagnes d’échantillonnage. Le permis B est indispensable.
• Une partie des activités pourrait se dérouler dans un laboratoire confiné dédié à l’ADN environnemental ou dans une serre confinée. Ce travail isolé nécessitera une bonne autonomie en biologie moléculaire et microbiologie.
• Travail sur écran quotidien.