Vous serez accueilli(e) au sein de L’Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), au sein de l’équipe Écologie et Génétique des interactions Plantes–Microbiotes–Bioagresseurs (PMB), sur le centre INRAE Bretagne-Normandie à Le Rheu (Rennes Métropole). Cette équipe est spécialisée en écologie microbienne et travaille sur la compréhension des interactions plante-microbiote et insecte-microbiote. Vous serez recruté(e) sur le projet EXPLORAE TARGET (Vers la culture et l’ingénierie génomique de bactéries pathogènes non-cultivées). Le projet TARGET développe une stratégie résolument transdisciplinaire, articulant microbiologie expérimentale, modélisation de réseaux métaboliques à l’échelle système et analyses multi-omiques pour lever le verrou de la culture de phytoplasmes. Le WP3 joue un rôle central dans cette intégration en traduisant les prédictions issues des modèles métaboliques en protocoles expérimentaux testables, puis en réinjectant les résultats expérimentaux dans une boucle d’optimisation. Le poste s’adresse à un·e ingénieur·e de recherche souhaitant évoluer à l’interface entre expérimentation et modélisation, dans un environnement scientifique favorisant les échanges méthodologiques et la co- construction interdisciplinaire.

Vous serez plus particulièrement en charge de : 

• Mettre en œuvre et optimiser des approches de microbiologie expérimentale pour cultiver et étudier les Mollicutes et phytoplasmes.
• Définir, tester et optimiser des conditions de culture (milieux et nutriments, température, pression en oxygène…) à l’aide d’outils de phénotypage haut-débit et de dispositifs de contrôle gazeux.
• Développer et exploiter des méthodes de suivi de la croissance bactérienne, incluant des approches ciblant des activités métaboliques ou physiologiques.
• Traduire des prédictions issues de la modélisation de réseaux métaboliques en protocoles expérimentaux afin d’affiner de manière itérative la formulation de milieux définis ou quasi- définis, en lien étroit avec les équipes de modélisation du projet.

• Produire et tester des milieux de cultures à base d’extraits de plante, d’insecte ou de cultures microbiennes.

• Participer à la valorisation scientifique des résultats, notamment par la rédaction de publications et de communications scientifiques.

• Contribuer à la capitalisation, à la traçabilité et à la pérennisation des protocoles, méthodes et jeux de données développés dans le cadre du WP3 du projet.

Conditions particulières d’activité :

Travail en laboratoire de microbiologie à accès réglementé. Des déplacements professionnels réguliers sont à prévoir au sein de l’équipe Mollicutes de l’unité BFP (Biologie du Fruit et Pathologie), centre INRAE de Villenave-d’Ornon (Bordeaux), partenaire et coordinateur du projet.