Fig 1. Limite de détection dans des dilutions en série de biopsies gastriques enrichies avec la souche de référence H. pylori CCUG 17874. Les valeurs correspondent aux profondeurs moyennes de l’ensemble des cibles, avec un seuil de 10 lectures par base.
L’unité de recherche BoRdeaux Institute of onCology (BRIC), membre du réseau MicroBio-NA, vient de publier une nouvelle étude sur l’identification de l’infection par Helicobacter pylori.
Helicobacter pylori, une bactérie qui infecte au moins 50 % de la population mondiale, est souvent traitée par des thérapies antimicrobiennes probabilistes en raison du manque de données sur la résistance aux antimicrobiens fournies par les laboratoires cliniques aux cliniciens. Cependant, les thérapies antimicrobiennes ciblées sont de plus en plus recommandées pour parvenir à une éradication efficace, avec un impact limité sur le microbiote intestinal et moins d’effets indésirables pour le patient. Les progrès récents des stratégies de séquençage de nouvelle génération ont ouvert de nouvelles perspectives dans le diagnostic de l’infection par H. pylori.
Dans cette étude, il est décrit une nouvelle méthode NGS pour étudier le résistome et le virulome de H. pylori directement à partir de biopsies gastriques, basée sur des analyses d’enrichissement et le séquençage ciblé de l’ADN de H. pylori.
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English version 🇬🇧
The BoRdeaux Institute of onCology (BRIC) research unit, a member of the MicroBio-NA network, has just published a new study on the identification of Helicobacter pylori infection.
Helicobacter pylori, a bacterium that infects at least 50% of the world’s population, is often treated with probabilistic antimicrobial therapies due to the lack of antimicrobial resistance data provided by clinical laboratories to clinicians. However, targeted antimicrobial therapies are increasingly recommended to achieve effective eradication, with limited impact on the gut microbiota and fewer adverse effects for the patient. Recent advances in next-generation sequencing strategies have opened up new perspectives in the diagnosis of H. pylori infection.
This study describes a new NGS method for studying the H. pylori resistome and virulome directly from gastric biopsies, based on enrichment analyses and targeted sequencing of H. pylori DNA.
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