En rejoignant MFP sur ce projet de recherche, vous serez pleinement intégré∙e à l’équipe ARMYNE (Antimicrobial Resistance in Mycoplasma and Gram Negative bacteria).
Processus de recrutement :
Après la période de publication de l’annonce, nous prendrons contact avec les candidats retenus pour un entretien organisé avec le(s) manager(s) et le chargé de recrutement. Pour être complète, votre candidature doit comporter votre CV, une lettre de motivation (2 pages max), une liste de vos publications, lettre(s) de recommandation et coordonnées de vos précédents superviseurs.
Conseil : votre lettre de motivation est lue et nous apporte des éléments complémentaires à votre CV !
Adresse mail pour postuler : job-ref-t8u14yqxy2@emploi.beetween.com
L’objectif de l’unité MFP est d’améliorer la compréhension des interactions hôte-pathogène liées à la réplication et au développement de la maladie, depuis les interactions moléculaires jusqu’à l’épidémiologie et le développement d’approches antimicrobiennes. Le MFP est actuellement composé de neuf groupes travaillant sur la virologie, la bactériologie, la parasitologie et la mycologie.
Dans le cadre des programmes de recherche de grande ambitions régionales (PSGAR), nous recrutons un∙e Post-Doctorant∙e en bactériologie, dont l’étude s’insère dans l’axe Maladies Infectieuses Émergentes.
Ce programme finance la recherche « Cartographier, Comprendre et Combattre la résistance aux antimicrobiens en Nouvelle-Aquitaine » et a pour ambition d’enrichir les connaissances sur le sujet de la résistance anti-microbienne. Ce poste s’inscrit dans un CDD de Projet, lié à l’atteinte de résultats qualitatifs et quantitatifs
Votre mission consistera à effectuer une recherche fondamentale dans le domaine de la microbiologie (bactériologie) dans le cadre de la résistance des bactéries aux antibiotiques.
Description du contexte scientiste :
L’émergence et la diffusion de la résistance aux antibiotiques sont largement liées à la présence d’éléments génétiques mobiles (EGM) responsables de transferts horizontaux de gènes entre les pathogènes de l’environnement, animaux et humains. A côté d’EGM bien connus comme les plasmides, d’autres EGM comme les ICEs (Integrative and Conjugative Elements) jouent un rôle important dans la dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques. Ces ICEs sont retrouvés dans des organismes très variés comme Pseudomonas aeruginosa3 et les mycoplasmes.
Les mycoplasmes sont des bactéries responsables de pathologies aussi bien humaines qu’animales. Plus spécifiquement, Mycoplasma hominis est une bactérie humaine habituellement commensale des voies génitales basses mais peut être responsable d’infections génitales, d’infections néonatales et d’infections extra-génitales notamment chez les immunodéprimés. P. aeruginosa est un bacille à Gram négatif (BGN) de l’environnement, pathogène opportuniste de l’homme, très répandu en milieux aquatiques, et classé prioritaire par l’OMS en raison de sa capacité à développer facilement des résistances conduisant au risque d’infections difficiles à traiter.
Les ICEs sont des éléments génétiques mobiles possédant une organisation modulaire. Des ICEs atypiques ont récemment été découverts in silico chez 45% des souches de l’espèce M. hominis. Ces ICEs d’environ 30 kpb sont intégrés au chromosome bactérien et sont composés d’environ 25 régions codantes (CDS). Des études préalables ont montré que ces ICEs sont capables de s’exciser du chromosome bactérien et de se circulariser mais la conjugaison bactérienne n’a pas été démontrée à ce jour chez M. hominis malgré des premiers essais de conjugaison. Néanmoins, une telle conjugaison a déjà été démontrée chez une espèce animale phylogénétiquement proche, Mycoplasma agalactiae. Chez P. aeruginosa, il a été décrit trois familles d’ICEs selon le type d’intégrase, le site d’intégration et le type de module de conjugaison : pKLC102-like, ICEclc et Tn4371. Récemment, il a été mis en évidence que les gènes codant pour les carbapénémases, mécanisme de résistance à l’origine d’infections difficiles à traiter, étaient fréquemment retrouvés sur des ICEs chez P. aeruginosa. Ces ICEs ont été prédits par bio-informatique grâce au séquençage du génome entier mais leur transfert a rarement été démontré. Au laboratoire, le transfert de l’ICE ICEPa6523 porteur du gène blaIMP-13, appartenant à la famille ICEclc, a pu être confirmé expérimentalement avec un taux de conjugaison très faible (10-8/donneuses).
Les objectifs :
• Déterminer si les ICEs de M. hominis sont capables de transfert conjugatif de gènes de résistance aux antibiotiques
• Chez P. aeruginosa, déterminer les facteurs permettant de réguler et d’augmenter le taux de conjugaison de l’ICEPa6523
Titulaire d’un diplôme de Doctorat en Sciences Biologiques, vous avez 1 an d’expérience Post-Doctorale au maximum.
• Vous avez de bonnes connaissances en bactériologie et savez pratiquer la culture bactérienne, le transfert génétique
• Vous connaissez la bio-informatique : analyse génomique
• Vous maîtrisez les méthodes de PCR et de RT-PCR
• Vous avez d’excellentes qualités relationnelles et rédactionnelles, y compris en anglais (niveau C1)
Le + de ce poste :
vous aurez l’opportunité de présenter vos travaux à des congrès nationaux tel que celui de la Société Française de Microbiologie ou internationaux tel que le congrès de l’International Organisation for Mycoplasmology et/ou l’European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.
English version 🇬🇧
By joining MFP on this research project, you will be fully integrated into the ARMYNEv (Antimicrobial Resistance in Mycoplasma and Gram Negative bacteria) team.
Recruitment process:
`Applications are reviewed as they arrive.
Candidates selected for an interview will be contacted by the Recruitment Officer for a first
pre-qualification phone conversation. An interview with the supervisor will then be
organised by videoconference.
Interested applicants should send a CV, brief statement of qualifications and basis for
interest in the position, copies of up to 3 relevant publications, and the email addresses of
2 appropriate references.
Please note that to be admissible, you must apply to the job offer or send e-mail with your documents at: job-ref-t8u14yqxy2@emploi.beetween.com
The objective of the MFP unit is to improve understanding of host-pathogen interactions related to disease replication and development, from molecular interactions to epidemiology and the development of antimicrobial approaches. The MFP currently consists of nine groups working in virology, bacteriology, parasitology and mycology.
Within the framework of the regional research programmes (PSGAR), we are recruiting a post-doctoral fellow in bacteriology, whose study is part of the Emerging Infectious Diseases axis.
This program funds the research project “Mapping, Understanding and Combating Antimicrobial Resistance in Nouvelle-Aquitaine” and aims to increase knowledge on the subject of antimicrobial resistance. This position is part of a project term contract, linked to the achievement of qualitative and quantitative results.
Your mission will be to conduct basic research in the field of microbiology (bacteriology) as part of the study of antibiotic resistance in bacteria.
Description of the scientific context
The emergence and spread of antibiotic resistance are largely linked to the presence of mobile genetic elements (MGE) responsible for horizontal gene transfers between environmental, animal and human pathogens. Alongside well-known EGM as plasmids, other EGM such as ICEs (Integrative and Conjugative Elements) play an important role in the dissemination of antibiotic resistance genes. These ICEs are found in a wide variety of organisms such as Pseudomonas aeruginosa3 and mycoplasmas. Mycoplasmas are bacteria responsible for both human and animal diseases.
More specifically, Mycoplasma hominis is a human bacterium usually commensal of the lower genital tract but can be responsible for genital infections, neonatal infections and extragenital infections especially in immunocompromised. P. aeruginosa is a Gram-negative environmental bacilli (BGN), opportunistic pathogen of humans, widely spread in aquatic environments, and prioritized by WHO because of its ability to easily develop resistance leading to the risk of difficult-to-treat infections.
ICEs are mobile genetic elements with a modular organization. Atypical ICEs have recently been found in silico in 45% of M. hominis strains. These ICEs of about 30 kpb are integrated into the bacterial chromosome and consist of about 25 coding regions (CDS). Previous studies have shown that these ICEs are able to excise from the bacterial chromosome and circularize but bacterial conjugation has not been demonstrated in M. hominis despite initial conjugation trials. However, such conjugation has already been demonstrated in a phylogenetically related animal species, Mycoplasma agalactiae.
In P. aeruginosa, three families of ICEs were described according to the integrase type, the integration site and the conjugation module type: pKLC102-like, ICEclc and Tn4371. Recently, it has been shown that genes coding for carbapenemases, a resistance mechanism that causes difficult-to-treat infections, were frequently found on ICEs in P. aeruginosa. These ICEs have been predicted by bio-informatics through whole genome sequencing but their transfer has rarely been demonstrated. In the laboratory, the transfer of ICE ICEPa6523 carrying the blaIMP-13 gene, belonging to the ICEclc family, was confirmed experimentally with a very low conjugation rate (10-8/donors).
The objectives :
• Determine whether M. hominis ICEs are capable of conjugative transfer of antibiotic resistance genes
• In P. aeruginosa, determine factors that regulate and increase the conjugation rate of ICEPa6523
Holder of a PhD in Biological Sciences, you have 1 year of post-doctoral experience at most.
• You have good knowledge of bacteriology and know how to practice bacterial
culture, gene transfer
• You know bioinformatics: genomic analysis
• You are familiar with PCR and RT-PCR methods
• You have excellent interpersonal and writing skills, including in English (C1 level)
Do you recognize yourself? Apply!
The + of this position:
you will have the opportunity to present your work at national congresses such as that of the French Society of Microbiology or international conferences such as the International Organisation for Mycoplasmology and/ or the European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.The + of this position: you will have the opportunity to present your work at national congresses such as that of the French Society of Microbiology or international conferences such as the International Organisation for Mycoplasmology and/ or the European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.
Link to job offer: https://www.u-bordeaux.fr/universite/travailler-a-l-universite/offresdemploi/post-doctoral-researcher-bacteriology
