Description du sujet :
Les intégrons de résistance (IR) sont des structures permettant aux bactéries de s’adapter rapidement à la pression antibiotique et qui jouent un rôle majeur dans la propagation de la résistance aux antibiotiques parmi les bactéries Gram négatif. Les intégrons sont des plateformes génétiques capables de capturer, d’échanger et d’exprimer des gènes de résistance intégrés dans des cassettes de gènes (CG) et exprimés à partir d’un promoteur commun Pc [1]. Il existe plusieurs variants de Pc de force variable chez la bactérie Escherichia coli, dont un retrouvé majoritairement chez Acinetobacter baumannii (Ab) [2]. L’intégrase, IntI1, est l’élément clé des IR, elle catalyse l’insertion et l’excision des CG par recombinaison spécifique de site. Chez E. coli, l’expression de intI1 est sous le contrôle du le répresseur LexA, le régulateur principal de la réponse SOS bactérienne [3]. Cette dernière est une réponse de défense bactérienne aux dommages à l’ADN qui peut être induite par différents stress dont certains antibiotiques [4]. Le genre Acinetobacter ne possédant pas le gène lexA, la réponse aux dommages à l’ADN chez ces espèces dépend de deux régulateurs spécifiques du genre Acinetobacter : DdrR et UmuDAb [5].
Des travaux préliminaires, réalisés au laboratoire, indiquent que la régulation de l’expression de l’intégrase d’intégron ainsi que celle des cassettes de gène de résistance, serait régulée, entre autres, par la protéine UmuDAb chez Ab. Afin de vérifier cette hypothèse, nous avons construit des mutants de délétion umuDAb et ddrR dans une souche de Ab clinique et nous étudions la régulation des promoteurs de l’intégrase et des CG dans les différents fonds génétiques. Afin de pousser plus loin ces investigations, nous souhaiterions aussi étudier cette régulation chez une souche d’Acinetobacter non-baumannii, dont certaines espèces sont de plus en plus fréquemment impliquées dans des infections nosocomiales.
Le stage consistera donc à étudier la régulation de l’expression de l’intégrase et des CG des intégrons chez Acinetobacter non-baumannii.
Pour se faire le/la candidat(e) créera tout d’abord des mutants de délétion chez une souche d’A. nonbaumannii sélectionnée dans la collection de souches d’Acinetobacter disponibles au laboratoire en utilisant une technique de délétion sans cicatrice. Il/elle utilisera un panel de plasmides composés d’un intégron portant différentes mutations sur les promoteurs Pc et de intI1 à transformer dans les différentes souches (sauvage, mutant ddrR et umuDAb). Afin de déterminer le rôle de UmuDAb et DdrR dans la régulation de PintI1 et Pc, une approche par RT-qPCR à partir d’extraction d’ARN des différentes souches sera réalisée.