Description du sujet :
La pneumopathie acquise sous ventilation mécanique (ou PAVM) est une pathologie majeure survenant chez les patients intubés-ventilés en Réanimation. Elle entraine une augmentation des durées de séjour, de la mortalité mais également de l’utilisation des antibiotiques en service de soins intensifs avec toutes les complications que cela entraîne (perturbation des microbiotes, infections à Clostridioïdes difficile ou à bactéries multi-résistantes…).

La physiopathologie de sa survenue reste très peu comprise actuellement, probablement de par la complexité du diagnostic, du manque de goldstandard et de la diversité des bactéries pathogènes responsables (Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Enterobactérales, Streptococcus pneumoniae…). Néanmoins, l’exploration des modifications de microbiote a permis de démontrer récemment la présence d’une dysbiose du microbiote pulmonaire dans la PAVM avec des modifications microbiennes importantes.

À l’Université de Limoges, l’équipe de l’UMR Inserm 1092/RESINFIT en collaboration avec le service de Réanimation du CHU de Limoges a démontré l’impact du microbiote respiratoire dans la survenue de la PAVM à S. aureus chez des patients intubés-ventilés en Réanimation (Meyer et al., 2023).

Parmi les bactéries d’intérêt notable, certaines espèces de bactéries anaérobies (telles que Prevotella spp) étaient significativement augmentées chez les patients développant une PAVM, et ce dès 48 heures avant le diagnostic clinique. Une autre étude publiée simultanément retrouve des résultats très similaires, confortant ces résultats. 

L’objectif est donc de confirmer les modifications du microbiote respiratoire précédemment observées sur une nouvelle collection d’échantillons d’aspirats endotrachéaux provenant de patients intubés-ventilés, mais également d’évaluer l’impact de l’antibiothérapie sur la persistance bactérienne dans les voies pulmonaires.

Ainsi, le travail du stagiaire de Master 2 consistera à préparer les échantillons respiratoires en vue du séquençage haut-débit (extraction de l’ADN, PCR ciblant l’ARNr16S, préparation de librairies) et d’analyser à l’aide d’outils bioinformatiques l’évolution de ce microbiote. Le stagiaire devra également mettre en place de nouveaux protocoles en lien avec l’évolution des techniques de préparation de librairies.