Le sujet du stage de Master s’insère dans l’Axe 2 de l’Observatoire de Brouage (porté par le LIENSs) : « Biocénose : État de santé des écosystèmes littoraux et rétro-littoraux ». Cet axe vise à évaluer l’état de santé des écosystèmes du marais et de quantifier l’importance relative des effets des changements globaux marins et terrestres sur ces zones d’interface entre la terre et la mer et de mesurer leurs conséquences sur la biodiversité. La salinisation des milieux doux est un point central et commun qui sera étudié dans le cadre de l’observatoire. Le compartiment microbien, qui fait l’objet d’une action spécifique dans le projet de l’Observatoire, est à la base du réseau trophique dans lequel s’intègrent les autres compartiments étudiés. Ce volet, incluant entre autres l’étude du fonctionnement trophique du marais, vise à comprendre comment ces différentes composantes des changements globaux et leur origine marine ou terrestre interagissent et affectent le fonctionnement de l’écosystème du marais de Brouage afin de construire des scénarios d’évolution des zones humides côtières en fonction de l’évolution du climat, des activités anthropiques et des processus salinisation liés à des submersions soudaines ou progressives.

Les connaissances acquises sur le fonctionnement des écosystèmes côtiers peuvent être mises à profit et utilisées comme base de construction d’outils de gestion pour l’évaluation de la qualité et de l’état de santé des milieux. Un des objectifs de l’Axe 2 de l’Observatoire de Brouage est de développer des outils de bioindicateurs basés sur des approches d’ADN environnemental.

 Le stage de Master aura pour objectif d’analyser, par des approches basées sur l’ADNe, la diversité des communautés benthiques (bactéries, archées, micro-eucaryotes et méiofaune), des microorganismes associés aux bivalves et présents dans la colonne d’eau, sur différentes stations du marais de Brouage, caractérisés par de typologies variées, représentant un gradient de salinité.

Dans le cadre de précédents projets un protocole d’extraction d’ADNe des sédiments a été mis en place, validant une nouvelle stratégie pour l’analyse simultanée des communautés benthiques microbiennes (bactéries, archées et micro- eucaryotes) et méiofauniques. Le stage aura pour objectif de comparer ce protocole avec un protocole « rapide » utilisable en terrain (en mode portable), et éventuellement optimiser le protocole terrain. Les méthodes d’extraction d’ADN à partir d’eau et de mollusques (en mode portable) seront également testées et optimisées. Différentes amorces, permettant de cibler les organismes listés seront également testées. La comparaison entre différentes technologies de séquençage sera également entreprise, étape indispensable dans la démarche de développement d’outil de bioindication. Le/La stagiaire participera aux campagnes d’échantillonnage, réalisées tous les 2 mois. Les missions confiées comprendront : i/ du travail de terrain (prélèvement de sédiment, filtration d’eau, dissection de bivalve) ; ii/ de la biologie moléculaire (extraction et purification d’acides nucléiques, PCR, préparation de librairie de séquençage Nanopore) ; iii/ de l’analyse bioinformatique et biostatistique des données (utilisation de cluster de calcul, traitement de données NGS -Illumina/Nanopore-, traitement statistique sous R).