Encadrant /contact : Pr L. Delhaes (laurence.delhaes@u-bordeaux.fr )

Lieu : U1045, Axe Myco-Microbiote et remodelage bronchique, Inserm – PTIB X. Arnozan Talence

Contexte

Ce sujet s’inscrit dans le cadre du programme régional PSGAR-MIE et de son volet EMERG. Le programme PSGAR-MIE/EMERG s’intéresse aux défis croissants posés par les maladies infectieuses émergentes et la résistance aux antimicrobiens, via une approche scientifique interdisciplinaire centrée sur les spécificités du territoire régional. Il s’inscrit dans une logique « Une seule santé » (One Health), prenant en compte les interconnexions entre santé humaine, santé animale et environnement.

EMERG s’intéresse au concept d’exposome, qui englobe l’ensemble des facteurs d’exposition auxquels un sujet est soumis depuis sa préconception, ainsi que les conséquences de ces expositions. Ce concept peut être étendu aux animaux et aux végétaux sous les notions d’éco-exposome et de socio-éco-exposome, dans une approche One Health. En intégrant les dimensions de pollution, de climat, d’anthropisation et de biodiversité, EMERG vise à mieux comprendre comment les modifications environnementales influencent l’apparition de nouvelles menaces infectieuses. Les travaux s’appuient notamment sur l’expertise régionale en matière de surveillance des virus influenza aviaires et du West Nile, et sur les liens entre exposome biologique et risque sanitaire.

Cette démarche interdisciplinaire vise à éclairer les décisions politiques régionales et à s’articuler avec d’autres projets complémentaires, dans le cadre d’une stratégie d’adaptation territoriale cohérente, pour anticiper les futures émergences infectieuses.

Objectifs

Nous proposons d’étudier la flore microbienne et notamment fongique présente dans l’avifaune de Nouvelle Aquitaine, et de relier cette flore au trajectoire migratrice des oiseaux, aux évènements survenus en région Nouvelle Aquitaine (telle que les évolutions des virus influenza aviaires et West Nile, évènement de feu, inondation, pollution… en lien avec l’anthropocène) ceci afin de mieux caractériser l’évolution de la flore microbienne (ici fongique et virale) en lien avec l’anthropization, selon une approche One Health basée sur le concept de l’éco-exposome microbien.

Méthodologies

• Gestion des prélèvements de la collection EMERG ; Gestion des métadonnées (espèce, lieux de capture, age…. – les prélèvements de l’avifaune sont réalisés par nos collègues de Chizé)
• Traitement et mise en culture des échantillons des animaux suivi des isolements et identifications des micromycètes
• Identification microbiologique : Aspect macroscopique et microscopique, identification par spectrométrie Maldi-Tof de flore présente dans un échantillon donné
• Réalisation d’extraction d’ADN – ARN, réalisation de PCR (qPCR et/ou rt-PCR) 
• Mise en collection des isolats d’intérêt (Aspergillus, Scedosporium, Candida) et caractérisation plus poussée des Aspergillus (réalisation des CMI par méthode EUCAST ; séquençage de tout ou partie du génome)
• Analyse statistique des données (logiciel R ; lien avec les métadonnées des sites de géo-sentinelle)
• Participation aux réunions du groupe et de l’équipe 
• Présentation et discussion des résultats en réunion et potentiellement en congrès
• Analyse bibliographique et intégration des données dans le contexte régional, mais aussi international
• Evolution possible du sujet vers une thèse (PhD)
• Travail en collaboration étroite avec l’équipe de Parasitologie-Mycologie du CHU, le CNR des Aspergilloses Chroniques et la plateforme PGTB (INRAE – Pierroton)

Prérequis

– Notion méthodologique de microbiologie (connaître ou avoir fait de la mise en culture sous PSM)

– Notion méthodologique de biologie moléculaire (connaître ou avoir fait des extractions d’acide nucléiques, des PCR et qPCR, ou ddPCR)

– Connaitre ou avoir manipulé des outils de bio-informatique (R …)

– Appétence pour la bio-informatique souhaitée

– Savoir analyser des données bibliographiques, rédiger un plan expérimental et un mémoire

Mots-clés

Mycobiome, Aspergillus, Avifaune, One Health, Exposome

📌 Évolution possible sur un PhD