Lieu : Bordeaux, ISVV – UMR OEnologie

Période : Stage de 6 mois – début 2026

Candidature ouverte

Contact : Olivier Claisse – olivier.claisse@inrae.fr 

Vous êtes passionné.e par la recherche et souhaitez contribuer à une meilleure compréhension des microbiomes dans les aliments fermentés. Vous vous intéressez à la microbiologie des fermentations, à la génomique microbienne, et aux interactions entre micro-organismes, notamment aux rôles encore peu explorés des éléments génétiques mobiles. Ce stage vise à explorer la diversité, le rôle fonctionnel et l’impact potentiel de ces éléments sur la dynamique microbienne et la qualité des produits fermentés, avec un accent particulier sur les écosystèmes oenologiques. Vous serez accueillie au sein de l’UMR OEnologie – Université de Bordeaux, une unité de recherche travaillant à l’interface de la microbiologie oenologique, de la biologie moléculaire et de la qualité des produits fermentés.

Titre du projet : Rôle des Éléments Génétiques Mobiles de type phages satellites dans les microbiomes alimentaires fermentés (Projet SATURN).  Satellite phAges, Transient and Unknown Regions of the geNome

Contexte scientifique: La fermentation alimentaire met en jeu des consortia microbiens complexes où interagissent bactéries lactiques et autres groupes bactériens (Oenococcus, Leuconostoc, Lactobacillus, Brevibacterium, Glutamicibacter, Corynebacterium…). Parmi les déterminants influençant la structuration et la dynamique de ces communautés, les Éléments Génétiques Mobiles (EGM) jouent un rôle clé.

Les phages satellites constituent une catégorie particulière d’EGM.

Ces éléments :

• sont fréquemment associés aux génomes bactériens,
• présentent une grande diversité et abondance dans les microbiomes,
• parasitent le cycle des bactériophages tempérés ou lytiques pour assurer leur
• dissémination,
• servent de réservoirs de fonctions adaptatives pour les hôtes bactériens.

Si leur rôle a été étudié chez des bactéries pathogènes à Gram négatif, peu d’informations sont disponibles sur les bactéries lactiques alimentaires et aucune sur d’autres genres courants des fermentations (Actinomycètes, Corynébactéries, etc.). Les outils bioinformatiques de détection automatique émergent, mais restent limités faute de données validées expérimentalement dans ces écosystèmes.

Objectifs du projet SATURN

Le projet SATURN (Satellite phAges, Transient and Unknown Regions of the geNome) vise à

explorer et caractériser les phages satellites au sein des bactéries impliquées dans les

fermentations alimentaires.

Le stage contribuera à :

• Repérer et analyser les régions variables des génomes de bactéries d’intérêt.
• Évaluer leur présence et diversité dans les microbiomes de fruits ou légumes

fermentés.

• Tester expérimentalement l’aptitude de certaines régions candidates à s’exciser, se

répliquer et interférer avec les phages associés aux hôtes.

Approches et méthodes

Le travail de stage combinera :

• Bioinformatique : détection et annotation de régions candidates (outils spécialisés,

analyses comparatives de génomes et métagénomes) en lien avec un bioinformaticien.

• Physiologie bactérienne : mise en culture et suivi de la croissance et de l’activité des

bactéries porteuses de satellites.

• Biologie moléculaire : validation expérimentale par qPCR, dPCR, suivi d’événements

d’excision/réplication.

Encadrement et environnement

Le stage sera encadré par des chercheurs des unités :

• UMR INRAE OENOLOGIE 1366 (Bordeaux) – Département TRANSFORM
• UMR INRAE SAYFOOD 0782 (Palaiseau) – Département MICA

Il s’inscrit dans une dynamique interdisciplinaire associant microbiologie et bioinformatique.

Profil recherché

• Étudiant.e de Master 2 ou Ingénieur.e en microbiologie, biologie des

microorganismes ou biotechnologie.

• Intérêt marqué pour les interactions microbiennes et la microbiologie des

fermentations alimentaires.

• Compétences souhaitées : biologie, microbiologie, biologie moléculaire.
• Autonomie, curiosité scientifique et goût pour le travail en équipe.