Le principal thème de recherche de unité sont les supports moléculaires de la résistance aux antimicrobiens, réparti en 5 axes de recherche, du fondamental au translationnel :
1) les éléments génétiques mobiles,
2) les cibles antivirales,
3) la recherche translationnelle de la résistance aux antibiotiques,
4) l’efficacité et la résistance des antiviraux,
5) l’évaluation des risques dans l’environnement et chez les animaux.
Les objectifs de l’UMR sont interconnectés selon le concept « une seule santé » et visent à :
1) comprendre des mécanismes d’acquisition des résistances,
2) identifier des nouvelles cibles antimicrobiennes,
3) développer des biomarqueurs pour une thérapie ciblée ou un monitorage de la résistance,
4) développer de nouveaux modèles d’efficacité antimicrobienne,
5) évaluer le risque de la résistance aux antimicrobiens.