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MicroBio-NA

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Cartographier, comprendre et combattre la résistance aux antimicrobiens en Nouvelle-Aquitaine - C3AMR

« Maladies Infectieuses et Risques Sanitaires »

Le projet C3AMR s'intègre dans un programme scientifique de grande ambition régionale (PSGAR) qui comporte deux volets : le C3AMR et le MIE.

Les antimicrobiens sont des médicaments actifs pour traiter des infections dues à des bactéries (antibiotiques), virus (antiviraux), champignons (antifongiques) ou parasites (antiparasitaires). Cependant, ces différents agents pathogènes peuvent résister aux antimicrobiens.

Ce phénomène, bien que naturel, s’est accéléré ces 30 dernières années en raison de l’utilisation massive des antimicrobiens en médecine, en agriculture et en élevage, combinée à un manque de développement de nouvelles molécules efficaces.

Malgré les politiques développées pour maîtriser ce problème, la résistance aux antimicrobiens (RAM) représente encore aujourd’hui l’un des plus grands défis de santé publique à l’échelle mondiale. 

O’Neill report, 2016

À l’horizon 2050, ce phénomène pourrait causer jusqu’à 10 millions de décès par an si aucune action n’est entreprise.

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En Nouvelle-Aquitaine, cette problématique prend une dimension particulière. La consommation d’antibiotiques y est parmi les plus élevées de France, et l’incidence de certaines infections à bactéries résistantes y dépasse la moyenne nationale.

Le projet C3AMR (Cartographier, Comprendre et Combattre la Résistance aux Antimicrobiens) s’inscrit dans une démarche interdisciplinaire et territoriale innovante, basée sur l’approche « Une seule santé » (One Health).

Cette approche repose sur l’interconnexion entre la santé humaine, animale, végétale et environnementale, essentielle pour lutter efficacement contre ce fléau.

Décès en France en 2019 liés à la résistance aux antibiotiques, environ :

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Les objectifs de C3AMR : Une approche intégrée

Le programme C3AMR s’appuie sur les expertises des microbiologistes, épidémiologistes et écologues du réseau R3 Microbio-NA pour répondre à cette problématique complexe. Ce programme de recherche intégrée en Nouvelle-Aquitaine poursuit quatre objectifs majeurs :

wp1 Cartographier

Réaliser une cartographie des résistances aux antimicrobiens sur tout le territoire en intégrant les écosystèmes humains, animaux et environnementaux.

wp2 comprendre

Étudier les mécanismes d’acquisition et de dissémination de la résistance.

wp3
combattre

Développer des innovations scientifiques, des outils de diagnostic rapide et des alternatives thérapeutiques.

wp4 former et informer

Sensibiliser les professionnels, les décideurs politiques et le grand public à travers des programmes de formation et de communication.

Organisation et partenaires

Le programme est piloté par :

Frédéric Bringaud

Directeur de recherche

Université de Bordeaux

Marie-Cécile Ploy

Directrice de recherche

Université de Limoges

Avec le soutien de nombreuses structures scientifiques et socio-économiques régionales et nationales.

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Actualités du PSGAR

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WP1 - Cartographier la résistance aux antimicrobiens en Nouvelle-Aquitaine

Objectif : Identifier les zones à risque et cartographier la circulation des agents pathogènes résistants dans les écosystèmes humains, animaux et environnementaux.

Leaders :

  • Sophie Alain (RESINFIT, Limoges)
  • Christophe Dagot (RESINFIT, Limoges)

Ce volet se concentre sur :

  • La surveillance des résistances dans les hôpitaux, les élevages et les cultures agricoles.
  • L’analyse des résistances dans les eaux usées, les rivières et les sols.
  • L’identification des points critiques dans la transmission des pathogènes résistants.
  • La création d’une cartographie interactive des résistances en Nouvelle-Aquitaine, intégrant des données environnementales et sanitaires.

Task : 

  • Task 1.1 – Surveillance des résistances aux antiviraux au sein de cohortes de patients : étude des résistances dans la Famille des HERPESVIRUS.
  • Task 1.2 – Surveillance des résistances aux antimicrobiens (antifongiques et antibiotiques) dans l’environnement.
    • 1.2.1 – Cartographie de moisissures du genre Aspergillus et chimiorésistance en Nouvelle Aquitaine.
    • 1.2.2 Surveillance des résistances aux antimicrobiens et des sélecteurs dans l’environnement.

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WP2 - Comprendre les mécanismes d’émergence de pathogènes et de résistance

Objectif : analyser les mécanismes d’acquisition, de transfert et de régulation des résistances aux antimicrobiens.

Leaders :

  • Véronique Blanquet (GEIST, Limoges)
  • Julien Buyck (PHAR2, Poitiers)

Les travaux incluent :

  • L’étude des interactions entre les agents pathogènes humains, animaux et environnementaux.
  • La modélisation des mécanismes génétiques responsables de la résistance, notamment les transferts horizontaux de gènes.
  • L’identification des facteurs environnementaux qui favorisent l’acquisition des résistances.
  • L’étude de la dynamique des résistances dans différents écosystèmes (hospitaliers, agricoles et naturels).
 

Task : 

  • Task 2.1 – Rôle de la génétique de l’hôte dans la résistance à la tuberculose bovine.
  • Task 2.2 – Approche One Health de l’étude des modes d’acquisition et de transmission de la résistance aux antibiotiques via les ICE et intégrons, dans deux modèles bactériens ; rôle des pressions de sélection.
    • 2.2.1 – Caractérisation moléculaire et pharmacologique des résistances chez des souches de bacilles à Gram négatif et Mycoplasma spp. environnementales, animales et humaines.
    • 2.2.2 – Fonctionnalité et régulation des ICEs et des IRs dans deux modèles expérimentaux complémentaires, BGN et mycoplasmes.
    • 2.2.3 – Modélisation de la prédiction de la résistance et de sa dissémination par des approches d’Intelligence Artificielle (IA), incluant une perspective philosophique.
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WP3 - Innover pour combattre la résistance aux antimicrobiens

Objectif : Innover dans la lutte contre la résistance grâce à des solutions concrètes.

Leaders :

  • Sophie SABLE (LIENSs, La Rochelle)
  • Majid KHATIB (CBMN, Bordeaux)
  • Romain CHEVROT (LIENSs, La Rochelle)
  • Mathieu METIFIOT (MFP, Bordeaux)

Les travaux incluent :

  • Le développement de diagnostics rapides pour détecter les agents pathogènes résistants.
  • La recherche de nouvelles molécules antimicrobiennes ou d’alternatives thérapeutiques non conventionnelles.
  • Le test et la validation d’outils innovants dans des environnements réels (hôpitaux, exploitations agricoles).

Task :

  • Task 3.1 – Innovations pour prévenir et diagnostiquer les résistances aux antimicrobiens chez des bactéries critiques.
    • 3.1.1 Développement/amélioration de techniques de diagnostic culturales rapides.
    • 3.1.2 Diagnostique génétique de l’antibiorésistance bactérienne chez Helicobacter pylori.
  • Task 3.2 – Innovations pour le développement d’alternatives aux traitements actuels.
    • 3.2.1 Optimisation des traitements actuels.
    • 3.2.2 Utilisation des bioressources locales/régionales pour l’obtention de nouveaux composés antimicrobiens d’origine naturelle (plantes, champignons, bactéries marines).
    • 3.2.3 Identification de cibles innovantes.
    • 3.2.4 Envergure nationale et transfert socio-économique.
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WP4 - Développer des outils d’information et de formation adaptés à différents publics

Objectif : Sensibiliser et former divers publics aux enjeux de la résistance aux antimicrobiens.

Leaders :

  • Catherine Dumartin (BPH, Bordeaux)

 

Les travaux incluent :

  • La conception de programmes de sensibilisation adaptés aux écoliers et étudiants.
  • La vulgarisation scientifique pour le grand public via des conférences, des ateliers et des supports numériques.
  • L’organisation de campagnes de sensibilisation régionales sur l’utilisation responsable des antimicrobiens.
  • La formation continue pour les professionnels de santé et les décideurs politiques.
 

Tasks : 

  • Task 4.1 – Construire et déployer des outils pédagogiques One Health adaptés aux actions de service sanitaire des étudiants en santé et aux différents publics scolaires.
  • Task 4.2 –  Dissémination grand public.
  • Task 4.3 – Former les différents acteurs aux problématiques de la résistance aux antimicrobiens et du One Health, en lien avec le DU « Antibiorésistance et Approche globale One Health« .